SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID002.02
Lynch-Syndrom (LYNCH, HNPCC) : 5 Gene (12,693 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
EPCAM 613244 AD Lynch-Syndrom (HNPCC8, LYNCH8) SNV und CNV: Short Read NGS
MLH1 609310 AD Lynch-Syndrom (HNPCC2, LYNCH2) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH2 120435 AD Lynch-Syndrom (HNPCC1, LYNCH1) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH6 614350 AD Lynch-Syndrom (HNPCC5, LYNCH5) SNV und CNV: Short Read NGS
PMS2 614337 AD Lynch-Syndrom (HNPCC4, LYNCH4) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Lynch-Syndrom (LYNCH, HNPCC)
EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
EPCAM, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2
HPO Terms
Colon cancer, Endometrial carcinoma, Ovarian neoplasm, Urinary tract neoplasm, Sebaceous gland neoplasm, Neoplasm of the rectum, Neoplasm of the pancreas, Neoplasm of the liver, Neoplasm of the skin, Neoplasm of the thyroid gland, Adenocarcinoma of the small intestine, Adenocarcinoma of the colon, Pancreatic adenocarcinoma, Neoplasm of the stomach, Gastric carcinoma, Small intestine adenocarcinoma, Breast carcinoma, Neoplasm of the skeletal system, Benign neoplasm of the central nervous system, Benign genitourinary tract neoplasm
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