SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID090.04
Magenkarzinom : 25 Gene (73,623 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
APC 619182 AD GAPPS-Syndrom (GAPPS) SNV und CNV: Short Read NGS
APC 175100 AD Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP1) SNV und CNV: Short Read NGS
ATM 208900 AD Louis-Bar-Syndrom (AT) SNV und CNV: Short Read NGS
BMPR1A 174900 AD Juveniles Polyposis-Syndrom (JPS) SNV und CNV: Short Read NGS
BRCA1 604370 AD Mamma- und/oder Magenkarzinom SNV und CNV: Short Read NGS
BRCA2 612555 AD Mamma- und/oder Magenkarzinom SNV und CNV: Short Read NGS
CDH1 137215 AD Hereditärer diffuser Magenkrebs (HDGC, DGLBC) SNV und CNV: Short Read NGS
CHEK2 609265 AD Krebsprädispositionssyndrom (TPDS4) SNV und CNV: Short Read NGS
CTNNA1 137215 AD Hereditärer diffuser Magenkrebs (HDGC) SNV und CNV: Short Read NGS
EPCAM 613244 AD Lynch-Syndrom (LYNCH8, HNPCC8) SNV und CNV: Short Read NGS
KIT 606764 AD Gastrointestinaler Stromatumor (GIST) SNV und CNV: Short Read NGS
MBD4 619975 AR Krebsprädispositionssyndrom (TPDS2) SNV und CNV: Short Read NGS
MLH1 120436 AD Lynch-Syndrom (LYNCH2, HNPCC2) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH2 120435 AD Lynch-Syndrom (LYNCH1, HNPCC1) SNV und CNV: Short Read NGS
MSH6 614350 AD Lynch-Syndrom (LYNCH5, HNPCC5) SNV und CNV: Short Read NGS
MUTYH 608456 AR Familiäre adenomatöse Polyposis (FAP2) SNV und CNV: Short Read NGS
PDGFRA 175510 AD Gastrointestinaler Stromatumor (GISTPS) SNV und CNV: Short Read NGS
PMS2 614337 AD Lynch-Syndrom (LYNCH4, HNPCC4) SNV und CNV: Short Read NGS
PTEN 158350 AD Cowden-Syndrom (CWS1) SNV und CNV: Short Read NGS
SDHA 606764 AD Gastrointestinaler Stromatumor (GIST) SNV und CNV: Short Read NGS
SDHB 606764 AD Gastrointestinaler Stromatumor (GIST) SNV und CNV: Short Read NGS
SDHC 606764 AD Gastrointestinaler Stromatumor (GIST) SNV und CNV: Short Read NGS
SDHD 606764 AD Gastrointestinaler Stromatumor (GIST) SNV und CNV: Short Read NGS
SMAD4 174900 AD Juveniles Polyposis-Syndrom (JPS) SNV und CNV: Short Read NGS
STK11 175200 AD Peutz-Jeghers-Syndrom (PJS) SNV und CNV: Short Read NGS
TP53 151623 AD Li-Fraumeni-Syndrom (LFS) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Magenkarzinom
APC, APC, ATM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, CTNNA1, EPCAM, KIT, MBD4, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PDGFRA, PMS2, PTEN, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD4, STK11, TP53
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
APC, ATM, BMPR1A, BRCA1, BRCA2, CDH1, CHEK2, CTNNA1, EPCAM, KIT, MBD4, MLH1, MSH2, MSH6, MUTYH, PDGFRA, PMS2, PTEN, SDHA, SDHB, SDHC, SDHD, SMAD4, STK11, TP53
HPO Terms
Gastric adenocarcinoma, Stomach cancer, Gastrointestinal carcinoma, Intestinal bleeding, Hematochezia, Melena, Vomiting, Nausea, Abdominal pain, Anorexia, Weight loss, Abdominal mass, Abdominal distension, Iron deficiency anemia, Gastrointestinal hemorrhage, Normocytic anemia, Normochromic anemia, Early satiety, Anemia, Protein loss
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