SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID058.01
Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS) : 9 Gene (13,002 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ADAR 615010 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS6) SNV und CNV: Short Read NGS
IFIH1 615846 AD Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS7) SNV und CNV: Short Read NGS
LSM11 619486 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS8) SNV und CNV: Short Read NGS
RNASEH2A 610333 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS4) SNV und CNV: Short Read NGS
RNASEH2B 610181 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS2) SNV und CNV: Short Read NGS
RNASEH2C 610329 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS3) SNV und CNV: Short Read NGS
RNU7-1 619487 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS9) SNV und CNV: Short Read NGS
SAMHD1 612952 AR Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS5) SNV und CNV: Short Read NGS
TREX1 225750 AR, AD Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS1) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Aicardi-Goutières-Syndrom (AGS)
ADAR, IFIH1, LSM11, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNU7-1, SAMHD1, TREX1
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ADAR, IFIH1, LSM11, RNASEH2A, RNASEH2B, RNASEH2C, RNU7-1, SAMHD1, TREX1
HPO Terms
Microcephaly, Intracranial calcifications, CSF lymphocytic pleiocytosis, Seizure, Developmental delay, Spasticity, Ataxia, Generalized hypotonia, Short stature, Increased circulating interferon-alpha concentration, Optic atrophy, Leukoencephalopathy, Diffuse leukoencephalopathy, Ventriculomegaly, Intrauterine growth retardation, Elevated circulating hepatic transaminase concentration, Abnormal speech pattern, Cognitive impairment, Failure to thrive, Increased circulating interferon-gamma concentration
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