SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID169.02
Holoprosenzephalie (HPE) : 17 Gene (48,792 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
CDON 614226 AD HPE11 SNV und CNV: Short Read NGS
CNOT1 618500 AD HPE12 SNV und CNV: Short Read NGS
DISP1 612530 AD HPE10 SNV und CNV: Short Read NGS
DLL1 618709 AD HPE SNV und CNV: Short Read NGS
FGF8 600483 AD HPE SNV und CNV: Short Read NGS
FGFR1 615465 AD Hartsfield-Syndrom (HRTFDS) SNV und CNV: Short Read NGS
GAS1 236100 AD HPE SNV und CNV: Short Read NGS
GLI2 610829 AD HPE9 SNV und CNV: Short Read NGS
PRRX1 202650 AR, AD HPE-Agnathie-Syndrom (AGOTC) SNV und CNV: Short Read NGS
PTCH1 610828 AD HPE7 SNV und CNV: Short Read NGS
SHH 142945 AD HPE3 SNV und CNV: Short Read NGS
SIX3 157170 AD HPE2 SNV und CNV: Short Read NGS
STAG2 301043 XLD, XLR HPE13 SNV und CNV: Short Read NGS
STIL 612703 AR Mikrozephalie und HPE (MCPH7) SNV und CNV: Short Read NGS
TGIF1 142946 AD HPE4 SNV und CNV: Short Read NGS
WDR62 604317 AR Mikrozephalie und HPE (MCPH2) SNV und CNV: Short Read NGS
ZIC2 609637 AD HPE5 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Holoprosenzephalie (HPE)
CDON, CNOT1, DISP1, DLL1, FGF8, FGFR1, GAS1, GLI2, PRRX1, PTCH1, SHH, SIX3, STAG2, STIL, TGIF1, WDR62, ZIC2
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
CDON, CNOT1, DISP1, DLL1, FGF8, FGFR1, GAS1, GLI2, PRRX1, PTCH1, SHH, SIX3, STAG2, STIL, TGIF1, WDR62, ZIC2
HPO Terms
Cyclopia, Proboscis, Solitary median maxillary central incisor, Median cleft upper lip, Median cleft palate, Bifid uvula, Cleft lip, Cleft palate, Midnasal stenosis, Abnormal morphology of the olfactory bulb, Absent septum pellucidum, Septo-optic dysplasia, Abnormal midbrain morphology, Abnormal corpus callosum morphology, Generalized hypotonia, Seizure, Intellectual disability, Global developmental delay, Poor suck, Dysphagia
scroll to top