SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID189.03
Neutropenie : 33 Gene (55,563 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ADA2 607575 AR Fiebersyndrom mit Neutropenie (VAIHS) SNV und CNV: Short Read NGS
CD40 606843 AR Immunschwäche (HIGM3) SNV und CNV: Short Read NGS
CD40LG 308230 XLR Immunschwäche (HIGM1) SNV und CNV: Short Read NGS
CEBPE 245480 AD, AR Spezifischer Granulamangel (SGD1) SNV und CNV: Short Read NGS
CLPB 619813 AD Schwere kongenitale Neutropenie (SCN9) SNV und CNV: Short Read NGS
CSF3R 300299 AR Schwere kongenitale Neutropenie (SCN7) SNV und CNV: Short Read NGS
CXCR2 619407 AR WHIM-Syndrom (WHIMS2) SNV und CNV: Short Read NGS
CXCR4 193670 AD WHIM-Syndrom (WHIMS1) SNV und CNV: Short Read NGS
DNAJC21 617052 AR Shwachman-Diamond-Syndrom (SDS) SNV und CNV: Short Read NGS
EFL1 617941 AR Shwachman-Diamond-Syndrom (SDS2) SNV und CNV: Short Read NGS
ELANE 202700 AD Schwere kongenitale Neutropenie (SCN1) SNV und CNV: Short Read NGS
ELANE 162800 AD Zyklische Neutropenie SNV und CNV: Short Read NGS
G6PC3 612541 AR Schwere kongenitale Neutropenie (SCN4) SNV und CNV: Short Read NGS
GATA1 300835 XLR Anämie mit Neutropenie (XLANP) SNV und CNV: Short Read NGS
GATA2 614172 AD Immunschwäche (IMD21) SNV und CNV: Short Read NGS
GFI1 613107 AD Schwere kongenitale Neutropenie (SCN2) SNV und CNV: Short Read NGS
GINS1 617827 AR Immunschwäche (IMD55) SNV und CNV: Short Read NGS
HAX1 610738 AR Schwere kongenitale Neutropenie (SCN3) SNV und CNV: Short Read NGS
JAGN1 616022 AR Schwere kongenitale Neutropenie (SCN6) SNV und CNV: Short Read NGS
PGM3 615816 AR Immunschwäche (IMD23) SNV und CNV: Short Read NGS
RAC2 618986 AD Immunschwäche (IMD73) SNV und CNV: Short Read NGS
SBDS 260400 AR Shwachman-Diamond-Syndrom (SDS1) SNV und CNV: Short Read NGS
SEC61A1 620674 AD Schwere kongenitale Neutropenie (SCN11) SNV und CNV: Short Read NGS
SLC37A4 232220 AR Glykogenspeicherkrankheit (GSD1B) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCD2 617475 AR Spezifischer Granulamangel (SGD2) SNV und CNV: Short Read NGS
SRP54 618752 AD Schwere kongenitale Neutropenie (SCN8) SNV und CNV: Short Read NGS
SRP68 620534 AR Schwere kongenitale Neutropenie (SCN10 SNV und CNV: Short Read NGS
TAFAZZIN 302060 XLR Barth-Syndrom (BTHS) SNV und CNV: Short Read NGS
TCIRG1 202700 AD Schwere kongenitale Neutropenie (SCN) SNV und CNV: Short Read NGS
USB1 604173 AR Poikilodermie mit Neutropenie (PN) SNV und CNV: Short Read NGS
VPS13B 216550 AR Cohen-Syndrom (COH1) SNV und CNV: Short Read NGS
VPS45 615285 AR Schwere kongenitale Neutropenie (SCN5) SNV und CNV: Short Read NGS
WAS 260400 XLR Schwere kongenitale Neutropenie (SCNX) SNV und CNV: Short Read NGS
WDR1 604734 AR Fiebersyndrom mit Neutropenie (PFITS) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Schwere kongenitale Neutropenie (SCN)
CLPB, CSF3R, ELANE, G6PC3, GFI1, HAX1, JAGN1, SEC61A1, SRP54, SRP68, TCIRG1, VPS45, WAS
Syndrome mit Neutropenie
ADA2, CD40, CD40LG, CEBPE, CLPB, CXCR2, CXCR4, DNAJC21, EFL1, ELANE, GATA1, GATA2, GINS1, PGM3, RAC2, SBDS, SLC37A4, SMARCD2, TAFAZZIN, USB1, VPS13B, WDR1
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ADA2, CD40, CD40LG, CEBPE, CLPB, CSF3R, CXCR2, CXCR4, DNAJC21, EFL1, ELANE, G6PC3, GATA1, GATA2, GFI1, GINS1, HAX1, JAGN1, PGM3, RAC2, SBDS, SEC61A1, SLC37A4, SMARCD2, SRP54, SRP68, TAFAZZIN, TCIRG1, USB1, VPS13B, VPS45, WAS, WDR1
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