SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID120.01
Pachyonychia congenita (PC) : 13 Gene (30,168 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
AAGAB 148600 AD Palmoplantarkeratose (PPKP1A) SNV und CNV: Short Read NGS
ATP2A2 101900 AD Acrokeratosis verruciformis (AKV) SNV und CNV: Short Read NGS
DSG1 148700 AD Palmoplantarkeratose (PPKS1) SNV und CNV: Short Read NGS
DSP 612908 AD Palmoplantarkeratose (PPKS2) SNV und CNV: Short Read NGS
GJB6 129500 AD Clouston-Syndrom (ECTD2) SNV und CNV: Short Read NGS
KRT1 607654 AD Palmoplantarkeratose (PPKS3) SNV und CNV: Short Read NGS
KRT6A 615726 AD Pachyonychia congenita (PC3) SNV und CNV: Short Read NGS
KRT6B 615728 AD Pachyonychia congenita (PC4) SNV und CNV: Short Read NGS
KRT6C 615735 AD Pachyonychia congenita (PC) SNV und CNV: Short Read NGS
KRT16 167210 AD Pachyonychia congenita (PC1) SNV und CNV: Short Read NGS
KRT17 167200 AD Pachyonychia congenita (PC2) SNV und CNV: Short Read NGS
MBTPS2 300918 XLR Olmsted-Syndrom (OLMSX) SNV und CNV: Short Read NGS
TRPV3 614596 AD Olmsted-Syndrom (OLMS) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Pachyonychia congenita (PC)
AAGAB, ATP2A2, DSG1, DSP, GJB6, KRT1, KRT16, KRT17, KRT6A, KRT6B, KRT6C, MBTPS2, TRPV3
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
AAGAB, ATP2A2, DSG1, DSP, GJB6, KRT1, KRT16, KRT17, KRT6A, KRT6B, KRT6C, MBTPS2, TRPV3
HPO Terms
Nail dystrophy, Palmoplantar hyperkeratosis, Palmoplantar keratoderma, Oral leukoplakia, Cyst, Hyperkeratotic papule, Hypergranulosis, Hyperkeratosis, Follicular hyperkeratosis, Hyperkeratotic skin plaque, Nail hyperkeratosis, Nail thickening, Onycholysis, Palmoplantar keratosis, Hyperkeratosis of skin, Hyperkeratosis of palms, Hyperkeratosis of soles, Nail bed hyperkeratosis, Hyperkeratosis of nails
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