SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID168.01
Pulmonale Surfactant-Stoffwechselstörung (SMDP) : 6 Gene (11,958 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ABCA3 610921 AR SMDP3 SNV und CNV: Short Read NGS
CSF2RA 300770 XL SMDP4 SNV und CNV: Short Read NGS
CSF2RB 614370 AR SMDP5 SNV und CNV: Short Read NGS
NKX2-1 265120 AD SMDP SNV und CNV: Short Read NGS
SFTPB 265120 AR SMDP1 SNV und CNV: Short Read NGS
SFTPC 610913 AD SMDP2 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Pulmonale Surfactant-Stoffwechselstörung (SMDP)
ABCA3, CSF2RA, CSF2RB, NKX2-1, SFTPB, SFTPC
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ABCA3, CSF2RA, CSF2RB, NKX2-1, SFTPB, SFTPC
HPO Terms
Neonatal respiratory distress, Neonatal death, Hypoxemia, Ground-glass opacification, Crazy paving pattern, Intraalveolar phospholipid accumulation, Absent bronchoalveolar surfactant-protein C, Absent bronchoalveolar dimeric surfactant-protein B, Reduced forced vital capacity, Reduced forced expiratory volume in one second, Decreased DLCO, Pulmonary fibrosis, Clubbing of fingers, Cyanosis, Tachypnea, Respiratory failure, Respiratory failure requiring assisted ventilation, Recurrent respiratory infections, Dyspnea, Pulmonary arterial hypertension
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