SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID258.02
VACTERL-Assoziation : 27 Gene (72,753 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
BRCA2 605724 AR Fanconi-Anämie (FANCD1) SNV und CNV: Short Read NGS
CHD7 214800 AD CHARGE-Syndrom SNV und CNV: Short Read NGS
FANCA 227650 AR Fanconi-Anämie (FANCA) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCB 300514 XLR VACTERLX, VACTERL-H SNV und CNV: Short Read NGS
FANCB 300514 XLR Fanconi-Anämie (FANCB) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCC 227645 AR Fanconi-Anämie (FANCC) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCD2 600901 AR Fanconi-Anämie (FANCD2) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCE 600901 AR Fanconi-Anämie (FANCE) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCF 605724 AR Fanconi-Anämie (FANCF) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCG 614082 AR Fanconi-Anämie (FANCG) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCI 609053 AR Fanconi-Anämie (FANCI) SNV und CNV: Short Read NGS
FANCL 614083 AR Fanconi-Anämie (FANCL) SNV und CNV: Short Read NGS
FGF8 600483 AD VATER, VACTERL SNV und CNV: Short Read NGS
FOXF1 265380 AD VATER, VACTERL SNV und CNV: Short Read NGS
GLI3 146510 AD Pallister-Hall-Syndrom (PHS) SNV und CNV: Short Read NGS
HAAO 617660 AR VCRL-Syndrom (VCRL1) SNV und CNV: Short Read NGS
HOXD13 142989 AD VACTERL SNV und CNV: Short Read NGS
HSPA6 140555 NN VATER, VACTERL SNV und CNV: Short Read NGS
KYNU 617661 AR VCRL-Syndrom (VCRL2) SNV und CNV: Short Read NGS
MNX1 176450 AD Currarino-Syndrom SNV und CNV: Short Read NGS
MYCN 164280 AD Feingold-Syndrom (FGLDS1) SNV und CNV: Short Read NGS
NADSYN1 618845 AR VCRL-Syndrom (VCRL3) SNV und CNV: Short Read NGS
RAD51C 613390 AR Fanconi-Anämie (FANCO) SNV und CNV: Short Read NGS
RECQL4 218600 AR Baller-Gerold-Syndrom (BGS) SNV und CNV: Short Read NGS
SALL1 107480 AD Townes-Brocks-Syndrom (TBS1) SNV und CNV: Short Read NGS
TRAP1 606219 NN VACTERL SNV und CNV: Short Read NGS
WBP11 619227 AD VCTERL-Syndrom SNV und CNV: Short Read NGS
ZIC3 314390 XLR VACTERLX, VACTERL-H SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
VACTERL-Assoziation
BRCA2, CHD7, FANCA, FANCB, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FGF8, FOXF1, GLI3, HAAO, HOXD13, HSPA6, KYNU, MNX1, MYCN, NADSYN1, RAD51C, RECQL4, SALL1, TRAP1, WBP11, ZIC3
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
BRCA2, CHD7, FANCA, FANCB, FANCC, FANCD2, FANCE, FANCF, FANCG, FANCI, FANCL, FGF8, FOXF1, GLI3, HAAO, HOXD13, HSPA6, KYNU, MNX1, MYCN, NADSYN1, RAD51C, RECQL4, SALL1, TRAP1, WBP11, ZIC3
HPO Terms
Anal atresia, Atrial septal defect, Ventricular septal defect, Tetralogy of Fallot, Tracheoesophageal fistula, Renal agenesis, Hydronephrosis, Renal duplication, postaxial polydactyly, Absent radius, Vertebral segmentation defect, Abnormal vertebral morphology, Feeding difficulties in infancy, Hearing impairment, Hydrocephalus, Spina bifida occulta, Short humerus, Renal hypoplasia, Renal cyst, Cleft palate
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