SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID327.00
Basalganglien-Kalzifikation (IBGC) : 6 Gene (11,139 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
JAM2 618824 AR IBGC8 SNV und CNV: Short Read NGS
MYORG 618824 AR IBGC7 SNV und CNV: Short Read NGS
PDGFB 615483 AD IBGC5 SNV und CNV: Short Read NGS
PDGFRB 615007 AD IBGC4 SNV und CNV: Short Read NGS
SLC20A2 213600 AD IBGC1 SNV und CNV: Short Read NGS
XPR1 616413 AD IBGC6 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Basalganglien-Kalzifikation (IBGC)
JAM2, MYORG, PDGFB, PDGFRB, SLC20A2, XPR1
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
JAM2, MYORG, PDGFB, PDGFRB, SLC20A2, XPR1
HPO Terms
Basal ganglia calcification, Thalamic calcification, Cerebellar calcification, Cognitive impairment, Memory impairment, Seizure, Parkinsonism, Dystonia, Tremor, Gait disturbance, Ataxia, Psychosis, Depression, Anxiety, Visual impairment, Oculomotor abnormality, Dysarthria, Dysphagia, Headache, Abnormal pyramidal sign
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