SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID032.02
Meckel-Syndrom (MKS) : 13 Gene (35,085 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
B9D1 614209 AR MKS9 SNV und CNV: Short Read NGS
B9D2 614175 AR MKS10 SNV und CNV: Short Read NGS
CC2D2A 612284 AR MKS6 SNV und CNV: Short Read NGS
CEP290 611134 AR MKS4 SNV und CNV: Short Read NGS
KIF14 616258 AR MKS12 SNV und CNV: Short Read NGS
MKS1 249000 AR MKS1 SNV und CNV: Short Read NGS
NPHP3 267010 AR MKS7 SNV und CNV: Short Read NGS
RPGRIP1L 612284 AR MKS5 SNV und CNV: Short Read NGS
TCTN2 613885 AR MKS8 SNV und CNV: Short Read NGS
TMEM67 607361 AR MKS3 SNV und CNV: Short Read NGS
TMEM107 617567 AR MKS13 SNV und CNV: Short Read NGS
TMEM216 603194 AR MKS2 SNV und CNV: Short Read NGS
TMEM231 615397 AR MKS11 SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Meckel-Syndrom (MKS)
B9D1, B9D2, CC2D2A, CEP290, KIF14, MKS1, NPHP3, RPGRIP1L, TCTN2, TMEM107, TMEM216, TMEM231, TMEM67
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
B9D1, B9D2, CC2D2A, CEP290, KIF14, MKS1, NPHP3, RPGRIP1L, TCTN2, TMEM107, TMEM216, TMEM231, TMEM67, TXNDC15
HPO Terms
Polydactyly, Renal cyst, Hepatic fibrosis, Portal hypertension, Ambiguous genitalia, Cryptorchidism, Situs inversus totalis, Dandy-Walker malformation, Cerebellar vermis hypoplasia, Aplasia/Hypoplasia of the corpus callosum, Nephronophthisis, Renal insufficiency, Biliary duct proliferation, Polycystic kidney dysplasia, Biliary cirrhosis, Renal cystic dysplasia, Cerebellar hypoplasia, Hepatomegaly, Renal cyst, Polydactyly
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