SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID110.01
Spondylometaphysäre und spondyloepiphysäre Dysplasie (SMD, SED, SEMD) : 39 Gene (90,660 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
ACAN 608361 AD Spondyloepiphysäre Dysplasie (SEDK) SNV und CNV: Short Read NGS
ACAN 612813 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDAG) SNV und CNV: Short Read NGS
ACP5 607944 AR Spondylometaphysäre Dysplasie (SPENCDI) SNV und CNV: Short Read NGS
AIFM1 300232 XLR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDHL) SNV und CNV: Short Read NGS
B3GALT6 271640 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDJL1) SNV und CNV: Short Read NGS
BGN 300106 XLR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDX) SNV und CNV: Short Read NGS
CCN6 208230 AR Spondyloepiphysäre Dysplasie (SEDT-PA) SNV und CNV: Short Read NGS
CFAP410 602271 AR Spondylometaphysäre Dysplasie, (SMDAX) SNV und CNV: Short Read NGS
CHST3 143095 AR Spondyloepiphysäre Dysplasie (SEDCJD) SNV und CNV: Short Read NGS
COL2A1 183900 AD Spondyloepiphysäre Dysplasie (SEDC) SNV und CNV: Short Read NGS
COL2A1 616583 AD Spondyloepiphysäre Dysplasie (SEDSTN) SNV und CNV: Short Read NGS
COL2A1 184250 AD Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDSTWK) SNV und CNV: Short Read NGS
COL10A1 156500 AD Spondylometaphysäre Dysplasie (MCDS) SNV und CNV: Short Read NGS
COL11A2 215150 AR Otospondylomegaepiphysäre Dysplasie (OSMEDB) SNV und CNV: Short Read NGS
COL11A2 184840 AD Otospondylomegaepiphysäre Dysplasie (OSMEDA) SNV und CNV: Short Read NGS
COMP 177170 AD Spondyloepiphysäre Dysplasie (PSACH) SNV und CNV: Short Read NGS
DDR2 271665 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SMED-SL) SNV und CNV: Short Read NGS
DDRGK1 602557 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDSH) SNV und CNV: Short Read NGS
EXOC6B 618395 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDJL3) SNV und CNV: Short Read NGS
FN1 184255 AD Spondylometaphysäre Dysplasie, (SMDCF) SNV und CNV: Short Read NGS
GPX4 250220 AR Spondylometaphysäre Dysplasie (SMDS) SNV und CNV: Short Read NGS
KIF22 603546 AD Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDJL2) SNV und CNV: Short Read NGS
MATN3 608728 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDBCD) SNV und CNV: Short Read NGS
MBTPS1 618392 AR Spondyloepiphysäre Dysplasie, (SEDKF) SNV und CNV: Short Read NGS
MMP13 602111 AD Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDM) SNV und CNV: Short Read NGS
NANS 610442 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDG) SNV und CNV: Short Read NGS
NKX3-2 613330 AR Spondylomegaepimetaphysäre Dysplasie (SMMD) SNV und CNV: Short Read NGS
PAM16 613320 AR Spondylometaphysäre Dysplasie, (SMDMDM SNV und CNV: Short Read NGS
PAPSS2 612847 AR Spondyloepimetaphysäre Dysyplasie (BCYM4) SNV und CNV: Short Read NGS
PCYT1A 608840 AR Spondylometaphysäre Dysplasie, (SMDCRD) SNV und CNV: Short Read NGS
PISD 618889 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDLIBF) SNV und CNV: Short Read NGS
PLCB3 618961 AR Spondylometaphysäre Dysplasie, (SMDCD) SNV und CNV: Short Read NGS
POP1 617396 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (ANXD2) SNV und CNV: Short Read NGS
RMP64 618853 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (ANXD3) SNV und CNV: Short Read NGS
RPL13 618728 AD Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDIST) SNV und CNV: Short Read NGS
RSPRY1 616723 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDFA) SNV und CNV: Short Read NGS
SIK3 618162 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDK) SNV und CNV: Short Read NGS
SMARCAL1 242900 AR Spondyloepiphysäre Dysplasie, (SIOD) SNV und CNV: Short Read NGS
TONSL 271510 AR Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDSP) SNV und CNV: Short Read NGS
TRAPPC2 313400 XLR Spondyloepiphysäre Dysplasie (SEDT) SNV und CNV: Short Read NGS
TRIP11 184260 AR Spondylometaphysäre Dysplasie, (ODCD) SNV und CNV: Short Read NGS
TRPV4 184095 AD Spondyloepiphysäre Dysplasie (Maroteaux) SNV und CNV: Short Read NGS
TRPV4 184252 AD Spondylometaphysäre Dysplasie (SMDK) SNV und CNV: Short Read NGS
UFSP2 617974 AD Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMDDR) SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Spondyloepiphysäre Dysplasie (SED)
ACAN, CCN6, CHST3, COL2A1, COMP, MBTPS1, SMARCAL1, TRAPPC2, TRPV4
Spondylometaphysäre Dysplasie (SMD)
ACP5, CFAP410, COL10A1, COL2A1, FN1, GPX4, PAM16, PCYT1A, PLCB3, TRIP11, TRPV4
Spondyloepimetaphysäre Dysplasie (SEMD)
ACAN, AIFM1, B3GALT6, BGN, COL2A1, DDR2, DDRGK1, EXOC6B, KIF22, MATN3, MMP13, NANS, PAPSS2, PISD, POP1, RMP64, RPL13, RSPRY1, SIK3, TONSL, UFSP2
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
ACAN, ACP5, AIFM1, B3GALT6, BGN, CCN6, CFAP410, CHST3, COL10A1, COL11A2, COL2A1, COMP, DDR2, DDRGK1, EXOC6B, FN1, GPX4, KIF22, MATN3, MBTPS1, MMP13, NANS, NKX3-2, PAM16, PAPSS2, PCYT1A, PISD, PLCB3, POP1, RMP64, RPL13, RSPRY1, SIK3, SMARCAL1, TONSL, TRAPPC2, TRIP11, TRPV4, UFSP2
HPO Terms
Short stature, Platyspondyly, Metaphyseal dysplasia, Epiphyseal dysplasia, Short limbs, Scoliosis, Kyphosis, Hip dysplasia, Coxa vara, Joint hypermobility, Short trunk, Abnormal epiphyses, Delayed bone age, Rib anomalies, Narrow thorax, Dysplastic pelvis, Metaphyseal cupping, Irregular vertebral endplates, Vertebral wedging, Abnormal vertebral bodies
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