SYNLAB MVZ
Humangenetik Mannheim

Leistungsverzeichnis

panel : ID378.00
Septooptische Dysplasie : 8 Gene (10,809 kb)
Ihr regionales Labor für Rückfragen und Beauftragung
Material Dauer Akkreditierung
3 - 5 ml EDTA-Blut 3 - 5 Wochen ja
Untersuchte Bereiche / Gene
Genotyp OMIM-P Erbgang Phänotyp Methodik
GLI2 610829 AD Hirnfehlbidung, Hypophysendysfunktion und Sehnerv-Hypoplasie (HPE9) SNV und CNV: Short Read NGS
HESX1 182230 AD, AR Septooptische Dysplasie (De Morsier Syndrom) SNV und CNV: Short Read NGS
OTX2 610125 AD Sehnerv-Hypoplasie, Hypophysendysfunktion und Corpus callosum-Agenesie (MCOPS5) SNV und CNV: Short Read NGS
PAX6 165550 AD Sehnerv-Hypoplasie, Hypophysendysfunktion und Septum pellucidum-Agenesie SNV und CNV: Short Read NGS
PROP1 262600 AR Panhypopituitarismus (PHPD2) SNV und CNV: Short Read NGS
SOX2 206900 AD Sehnerv-Hypoplasie, Hypophysendysfunktion und Corpus callosum-Agenesie (MCOPS3) SNV und CNV: Short Read NGS
SOX3 312000 XL Panhypopituitarismus (PHPX) SNV und CNV: Short Read NGS
TAX1BP3 605326 AR Dilatierte Kardiomyopathie und Septooptische Dysplasie SNV und CNV: Short Read NGS
Methodik
ROI: complete Reference cDNA includierend +/-20bp exon intron Grenze plus Custom Spike-in (Sonden für intronische und regulatorische Varianten der Klassen 4 und 5 aus HGMD- und ClinVar-Annotation, Stand 01/2025). Library: Capture based TWIST Library Sequenzierung: Aviti, Illumina- NovaSeq6000 oder NovaseqX Sequencer Variantenklassifikation gemäß ACMG-Guidelines (Richards et al. 2015, PMID: 25741868) sowie, falls verfügbar, Gen-spezifischer Guidelines (https://cspec.genome.network/cspec/ui/svi) Varianten unklarer Signifikanz (VUS) werden nur berichtet, wenn sie als klinisch relevant angesehen werden Punktesystem nach Tavtigian et al., 2020, PMID: 32720330): „hot“ VUS: 5 Punkte; „warm“ VUS: 4 Punkte; „tepid“ VUS: 3 Punkte; „cool“ VUS: 2 Punkte; „cold“ VUS: 1 Punkt; „ice cold“ VUS: 0 Punkte). Bestätigung des NGS-Ergebnisses wird für krankheitsauslösende Varianten mittels konventioneller Sanger-Sequenzierung durchgeführt, sofern die internen Qualitätskriterien nicht erfüllt sind. Limitationen: Varianten (SNV/InDels) werden ab einer Allelfrequenz von >25% nachgewiesen. Größere Insertionen/Deletionen oder InDels können unter Umständen nicht detektiert werden, da sie als nicht-passende Bereiche vom Mapping-Algorithmus entfernt werden. Nicht alle potentiell relevanten Bereiche der untersuchten Gene (z. B. regulatorische Bereiche, Introns) können komplett abgedeckt werden. Strukturaberration oder Keimbahnmosaike können nicht ausgeschlossen werden. Bereiche mit schwierigen Sequenzbereichen wie z.B. repetitiven Sequenzen oder homologen Bereichen (LINEs, SINEs, Alu-Elemente, Pseudogenen oder Trinukleotid-Repeats) mit deutlich eingeschränkten Nachweisgrenze.
Septooptische Dysplasie
GLI2, HESX1, OTX2, PAX6, PROP1, SOX2, SOX3, TAX1BP3
Kosten
Die Kosten werden bei bestehender medizinischer Indikation über einen Überweisungsschein Typ 10 (EBM) abgerechnet. Humangenetische Leistungen sind nicht budgetrelevant. Für privatversicherte Patienten sowie private Kostenträger (Krankenhäuser etc.) können auf Wunsch entsprechende Kostenvoranschläge erstellt werden.
Gesamte Genliste
GLI2, HESX1, OTX2, PAX6, PROP1, SOX2, SOX3, TAX1BP3
HPO Terms
Optic nerve hypoplasia, Absent septum pellucidum, Anterior pituitary hypoplasia, Anterior pituitary agenesis, Hypopituitarism, Hypogonadotropic hypogonadism, Infertility, Intellectual disability, Seizure, Global developmental delay, Microphthalmia, Anophthalmia, Microcephaly, Macrocephaly, Hydrocephalus, Abnormal corpus callosum morphology, Hypoplasia of the corpus callosum, Short stature, Midface retrusion, Abnormality of the hypothalamus-pituitary axis
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